Năm 1998, trong bối cảnh đất nước vừa thoát ra khỏi chiến tranh, đất nước còn nghèo, đời sống nhân dân nói chung cũng như đời sống của cán bộ giáo viên trường trung học kỹ thuật y tế trung ương 3 còn nghèo, ngoài giờ giảng trên lớp mọi người còn phải bươn chải thêm bên ngoài để duy trì cuộc sống
Để tạo điều kiện giúp đỡ cải thiện phần nào cuộc sống của cán bộ giáo viên của trường, giúp họ yên tâm đứng trên bục giảng hoàn thành thiên chức của mình, Ban giám hiệu của Trường trung học kỹ thuật y tế trung ương 3 đã mạnh dạn xin thành phép Sở Y Tế Thành Phố Hồ Chí Minh do giáo sư Dương Quang Trung làm giám đốc cho phép thành lập một phòng khám tập thể ngoài giờ đặt tại 201 Nguyễn Chí Thanh Q5 để cán bộ giáo viên của trường có điều kiện khám chữa bệnh thêm ngoài giờ để góp phần cải thiện đời sống cho Cán bộ công nhân viên của trường. Đó là lý do vì sao phòng khám tập thể ngoài giờ tiền thân của Cơ sở 2 Bệnh viện Đại học Y Dược ngày nay được thành lập, có thể nói mô hình phòng khám tập thể ngoài giờ của trường được thành lập lúc đó là khá mới, gần như là đầu tiên ở thành phố được thành lập.
Ban đầu ngoài lực lượng bác sĩ giáo viên của trường, để tăng cao chất lượng khám chữa bệnh tạo uy tín cho người bệnh, chúng ta đã liên kết với Bệnh viện Chợ Rẫy, đặc biệt là Khoa tai mũi họng Bệnh viện Chợ Rẫy.
Sau một thời gian ngắn, số lượng bệnh nhân đến khám tăng lên nhiều, một số có nhu cầu phẫu thuật, để giải quyết nhu cầu cho người bệnh cũng như góp phần tăng thu nhập cho cán bộ công nhân viên nên năm 1990 phòng khám đa khoa có giường lưu thuộc Trường Trung học Kỹ thuật y tế trung ương 3 ra đời
Cơ sở vật chất ban đầu rất sơ khai, máy móc trang thiết bị được huy động vay mượn từ các ngành, bộ môn ví dụ bàn mổ được ghép lại từ bàn thực tập của học sinh (có 2 bàn mổ), ghế cắt amiđan lấy từ ghế ngồi của nhân viên, đèn mổ là 2 chiếc đèn thủ thuật di động. dụng cụ thiết bị như máy đo huyết áp, bồn hạt đậu, …được huy động từ các phòng khoa của trường như ngành điều dưỡng, xét nghiệm, vv.
Cơ sở nội trú ban đầu gồm 20 giường bệnh là những giường sắt cá nhân, nhân sự trại bệnh nội trú ban đầu chỉ gồm 1 bác sĩ cơ hữu, 2 cô giáo điều dưỡng, 2 chị hộ lý và 1 cô nhân viên kế toán, ngoài ra để đảm bảo cho nhân sự trực gác chúng ta đã liên kết với một số bác sĩ và điều dưỡng của Bệnh viện Chợ Rẫy và một số đơn vị bạn khác
Mỗi ngày chúng ta thực hiện hàng chục ca mổ, chủ yếu là các phẫu thuật về tai mũi họng (mổ xoang, chỉnh hình vách ngăn, mổ viêm tai xương chũm, cắt amiđan, nạo va,vv) một số các phẫu thuật chỉnh hình (kết hợp xương, lấy nẹp vít, kéo dài chi, vv) và tổng quát (bướu cổ, thoát vị, trĩ, vv)
Song song với cơ sở 201 Nguyễn Chí Thanh, Trường trung học kỹ thuật y tế trung ương 3 còn thành lập một cơ sở khám chữa bệnh về sản phụ khoa đặt tại bộ môn nữ hộ sinh số 191 Nguyễn Thị Minh Khai Quận 1 để thực hiện khám, và điều trị về sản phụ khoa
Năm 1998 Trường trung học kỹ thuật y tế 3 Bộ Y Tế sáp nhập vào Trường Đại học Y Dược TPHCM thành Khoa điều dưỡng kỹ thuật Y học, phòng khám đa khoa có giường lưu của khoa vẫn tiếp tục hoạt động.
Đến năm 2000 Bệnh viện Đại học Y Dược được thành lập trên cơ sở hợp nhất của 3 cơ sở là phòng khám đa khoa có giường lưu của Đại học Y Dược (Cơ sở 1) phòng khám đa khoa có giường lưu của Khoa điều dưỡng kỹ thuật y học (Cơ sở 2) và Phòng khám y học cổ truyền của Khoa y học cổ truyền (Cơ sở 3). Phòng khám đa khoa của Khoa điều dưỡng kỹ thuật y học chính thức trở thành Cơ sở 2 Bệnh viện Đại học Y Dược TPHCM
Từ một Cơ sở khám chữa bệnh sơ khai ban đầu được thành lập, qua một chặng đường phấn đấu nỗ lực hết mình của tập thể cán bộ giáo viên và công nhân viên của Trường trung học kỹ thuật y tế trung ương 3, Khoa điều dưỡng kỹ thuật y học, nay cơ sở 2 đã trở thành một cơ sở y tế thực thụ, với đội ngũ các giáo sư bác sĩ đầu ngành có uy tín, với trang thiết bị ngày càng hiện đại, được sự tín nhiệm của nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh và các tỉnh phía nam
Hiện tại, Bệnh viện Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh - Cơ sở 2 gồm: trên 500 nhân viên, 10 Ban chức năng, 30 phòng khám chuyên khoa, 05 khoa lâm sàng (Tai Mũi Họng, Sản - Phụ khoa, Gây mê hồi sức, Ngoại tổng hợp, và Khoa Khám bệnh), 01 KhoaVật lý trị liệu Phục hồi chức năng, 01 Khoa Dược, 03 khoa cận lâm sàng (Xét nghiệm, Chẩn đoán hình ảnh, khoa nội soi), 01 trung tâm (Trung tâm Đào tạo và Chẩn đoán Y sinh học phân tử.), 03 Đơn Vị ( Đơn vị Chấn Thương Chỉnh hình, Đơn vị Khám sức khỏe, Đơn vị Kiểm soát nhiễm khuẩn)